細菌耐藥屬于一種自然現象，是千百年來微生物進化的結果。細菌的抗藥性是細菌進化選擇的結果，抗生素的濫用加劇了細菌耐藥性的產生。細菌在生長繁殖過程中會產生耐藥性基因的突變，在使用抗生素的選擇壓力下，耐藥性細菌被篩選出來并優勢繁殖。抗生素的濫用主要有兩種形式：一是在人類疾病治療過程中濫用抗生素；另一個是動物飼料添加抗生素的問題。有統計數據表明，世界上抗生素總產量的一半左右用于人類臨床治療，另一半則用在了畜牧養殖業。

　　產生耐藥的細菌通過以下方式產生耐藥：細菌改變自己結構，不和抗菌藥物結合，避免抗菌藥物作用；細菌產生各種酶，破壞抗菌藥物(如NDM-1)；構建自身防御體系，關閉抗菌藥物進入細菌的通道或者把已經進入細菌體內的抗菌藥物排出菌體。